El ecosistema del Parque Nacional Morrocoy es extremadamente diverso. El parque contiene cuatro ecosistemas principales: bosque seco tropical (dominado por cactus y leguminosas), manglares (áreas de cría para muchos peces y aves), arrecifes de coral (hogar de algunas de las comunidades de coral más al norte del Caribe) y praderas de pastos marinos.
Es hábitat de más de 300 especies de aves, incluyendo espátulas rosadas, flamencos y pelícanos. El área marina alberga tortugas marinas, delfines, manatíes (manatí del Caribe) y una amplia variedad de peces tropicales. El sistema de arrecifes de coral es particularmente importante como parte del Gran Ecosistema del Caribe.
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